A lo largo de la historia han sido muchos los pueblos que han contactado y habitado el estuario del Odiel, en la costa suroeste de España. Navegantes y mercaderes de lejanos países buscaban las riquezas en metales de la región: tartesios, fenicios, griegos, cartagineses, romanos, visigodos... Y con el correr del tiempo, conocemos que la gesta del Descubrimiento de América tuvo su origen en la zona portuaria de Huelva, concretamente en La Rábida y en el Puerto de Palos. Su autor fue Cristóbal Colón, aunque los marineros onubenses tuvieron un enorme papel en los primeros viajes al Nuevo Mundo, sobre todo en aquel que desveló América a Europa.

Durante la Modernidad, la villa de Huelva, junto al Puerto de Santa María, lideró las pesquerías de la costa atlántica andaluza y muy unido a esta actividad estaba la explotación de la sal. El cabildo regulaba mediante unas ordenanzas la venta del pescado fresco, que se realizaba por el mismo sistema actual de subasta. Concretamente en el siglo XVIII, el peligro de los piratas disminuyó y la economía se reactivó por esta circunstancia, a la que se sumaron el traslado de la Casa de Contratación de Sevilla a Cádiz -que integró al Puerto de Huelva en los circuitos americanos- y la creación de la Aduana de Huelva.

Un hito trascendental, en los albores del siglo XIX, consistió en el nombramiento de Huelva como capital de provincia, a lo que continuó la revitalización de la minería en manos de capital extranjero. Para el transporte de mineral se decidió que lo más rentable era la salida por mar, y Huelva fue elegida por su puerto natural y su situación estratégica a orillas del Atlántico. Seguidamente, las grandes Compañías de Rio Tinto y Tharsis construyeron ferrocarriles y muelles embarcaderos en la misma zona de servicio del Puerto de Huelva.

En este contexto, en diciembre de 1873, un grupo de personas influyentes de la provincia onubense contribuyeron con su tesón al alumbramiento de la Junta Especial de Comercio y Puerto de Huelva, actual Autoridad Portuaria de Huelva. Así las cosas, el desarrollo administrativo de la institución se fue gestando lentamente: Reglamento para su régimen, presupuesto de gastos, plan de obras, constitución de la Junta definitiva, etc. Parejo a esta evolución hubo un gran esfuerzo por parte de los técnicos ingenieros en las labores de encauzamiento y dragado del río para posibilitar el movimiento de los grandes buques que con la nueva tecnología se comenzaban a botar. El primer director del Puerto de Huelva, Carlos Mª Cortés, fue nombrado por el rey en 1876 y, posteriormente, en 1880, se aprobó el primer proyecto general del Puerto, que poco a poco fue levantando sus originarias infraestructuras y en 1888 se inauguró el muelle Sur.

El Puerto de Huelva, en cuanto a la pesca, comenzó a desarrollarse a fines del siglo XIX, coincidiendo con la adquisición de las primeras parejas inglesas a vapor por los armadores onubenses, y a consecuencia del incremento de las capturas, se construyó una nueva Lonja para la venta de pescado en 1893, en los terrenos del Dique, que estuvo funcionando hasta 1970, año en que se trasladó a la zona norte del muelle de Levante. Realmente, el origen de la modernización de la flota onubense estuvo ligado a Guillermo Sundheim, notable hombre de empresa de origen alemán asentado en Huelva.

Ya con el siglo XX se inició una etapa muy importante de construcciones, en la que destacó la figura del director Francisco Montenegro. Sobresalieron: el muelle Norte, la Casa del Vigía, el Depósito de minerales, el Almacén y las Cocheras de locomotoras. Ahora bien, otra importante propuesta que se llevó a cabo en los años veinte fue la del Muelle de Levante, símbolo de innovación para la ingeniería de la época por su infraestructura a base de cajones de hormigón armado. No se puede dudar de la gran visión de futuro de Montenegro, al entender que la exportación de minerales no sería el tráfico del futuro, y apostó por abrir el Puerto de Huelva a otras mercancías. A su vez, hemos de destacar de este insigne personaje los intensos dragados que llevó a cabo para mejorar el calado del Puerto de Huelva, por lo que se obtuvo una extensa zona de terraplenes, además de una importante limpieza del fondo del estuario.

En el siglo XX se inició una etapa muy importante de construcciones en la que destacó la figura del director Francisco Montenegro.

Por otra parte, los años veinte también despuntaron por una serie de acontecimientos que se celebraron y en los que el Puerto tuvo un protagonismo muy especial: el vuelo del Plus Ultra, la inauguración del Monumento a Colón o la colaboración en la Exposición Iberoamericana de 1929, por citar los más interesantes. Posteriormente, desde la finalización de la Guerra Civil española, la industria pesquera onubense ha ofrecido un panorama de marcado crecimiento. Si en los años que precedieron a la contienda la pesca fue más bien de bajura, en la década de los años cuarenta la flota pesquera onubense obtuvo un gran auge, al igual que las capturas, generándose una industria con predominio de la pesca de altura y la comercialización de estos productos alcanzó un mayor radio de acción. A esto ayudó la mejora de los medios de transporte y los sistemas de refrigeración.

Pero la depresión de 1929 afectó a España, al igual que al resto de los proveedores mundiales de materias primas de cualquier tipo; y la situación continuó siendo de bajada por los acontecimientos que le siguieron: las guerras civil e internacional. La Segunda Guerra Mundial supuso la paralización total de las minas por la inseguridad en el transporte, a la vez que por la subida de impuestos. Realmente, desde la Primera Guerra Mundial la caída fue inexorable, existiendo sólo momentos coyunturales favorables.

Ya en los años sesenta se produjo un gran cambio en el Puerto de Huelva y el puerto mineralero se convirtió en un puerto industrial. Todas las instalaciones portuarias que estaban ubicadas en la zona interior, necesitada de costosos dragados, se trasladaron, en su mayoría, al Puerto Exterior, de mayor calado. A renglón seguido, Huelva fue declarada Polo de Promoción y de Desarrollo Industrial basado, ante todo, en la existencia de un puerto y en la riqueza pirítica de la provincia. A su vez, por Decreto de 2 de octubre de 1969, al Puerto de Huelva se le concedió el primer régimen de Estatuto de Autonomía, y en 1975, a la vez que se amplió el Polígono Industrial del Nuevo Puerto en Palos de la Frontera, aumentó la zona de servicio en el Puerto Exterior, lo que conformó al Puerto de Huelva como el Puerto Industrial por excelencia de la fachada suratlántica española, con un fuerte desarrollo petrolífero, químico y petroquímico.

Por otra parte, desde la década de los sesenta se fue desarrollando en España, también, la industria del pescado congelado, y Huelva, especializada en la captura de crustáceos, envió sus buques congeladores hacia aguas africanas a la búsqueda de estos mariscos. Actualmente, el Puerto de Huelva ocupa un lugar muy destacado entre los dedicados a la pesca, tanto por la cantidad como por la calidad del pescado desembarcado, y es uno de los principales de Europa en la comercialización del marisco congelado.

En los últimos años, el Puerto sigue con la dinámica de potenciación de sus recursos, a la vez que se encuentra en pleno proceso de diversificación de su actividad con la captación de nuevos tráficos y la consolidación de líneas marítimas regulares, para dejar de ser básicamente un enclave industrial centrado en la carga y descarga de graneles sólidos y líquidos. Con este objetivo, continúa invirtiendo en nuevas infraestructuras para dar un mayor y mejor servicio. Los resultados obtenidos en los últimos ejercicios muestran una clara trayectoria ascendente, evidenciada por las altas cifras obtenidas en volumen de tráfico que superan a todas las alcanzadas a lo largo de su historia.